Arrêts de travail liés à une affection de longue durée non exonérante : réduction de la durée maximale d’indemnisation à un an

Rappel. Le décret 2026-498 du 12-6-2026 a prévu que les arrêts de travail pour maladie ou accident non professionnel prescrits depuis le 1-9-2026, par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme, ne peuvent pas dépasser 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation (Décret 2026-498 du 12-6-2026, JO du 13 ; CSS art. R 162-1-7-1 nouveau).
Cependant, le prescripteur de l'arrêt de travail initial ou de sa prolongation peut déroger à ces plafonds s'il justifie, sur la prescription d'arrêt de travail, de la nécessité d'une durée plus longue au regard de la situation du patient et en considération, lorsqu'elles existent, des recommandations établies par la Haute Autorité de santé (CSS art. L 162-4-1, 1° et L 162-4-4 modifiés).
Le décret 2026-866 du 16-9-2026 réduit de 3 ans à un an la durée maximale dérogatoire d'indemnisation pour les arrêts de travail des assurés qui souffrent d’une affection de longue durée (ALD) non exonérante, dont la participation aux frais de santé n'est pas limitée ou supprimée. En revanche, la durée maximale d'indemnisation des assurés atteints d'une affection de longue durée (ALD) exonérante est maintenue à 3 ans.
Ainsi, lorsque la participation aux frais de santé de l'assuré qui souffre d’une ALD exonérante est limitée ou supprimée, la durée maximale de la période pendant laquelle l'indemnité journalière de sécurité sociale (IJSS) peut être servie est fixée à 3 ans, et la durée de reprise du travail au-delà de laquelle le délai de 3 ans court à nouveau est fixée à un an (CSS art. R 323-1, 2°-a nouveau ; Décret 2026-866 du 16-9-2026, art. 1er, 1°-c).
À noter. Les ALD exonérantes sont les affections dont la gravité et/ou le caractère chronique nécessitent un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse, et pour lesquelles le ticket modérateur est supprimé. Cela signifie que le patient bénéficie d'un remboursement à 100 % sur la base du tarif de la sécurité sociale de ses frais de santé liés à l'ALD.
Lorsque la participation aux frais de santé de l'assuré qui souffre d’une ALD non exonérante n'est pas limitée ou supprimée, la durée maximale de la période pendant laquelle l’IJSS peut être servie est fixée à un an, et la durée de reprise du travail au-delà de laquelle le délai d'un an court à nouveau est fixée à un an (CSS art. R 323-1, 2°-b nouveau ; Décret 2026-866 du 16-9-2026, art. 1er, 1°-c). 
À noter. Les ALD non exonérantes sont définies par l'article L 324-1 du CSS. Ce sont des affections dont la durée prévisible d’évolution est supérieure à 6 mois. L’assuré souffrant d’une ALD non exonérante peut bénéficier d’un arrêt de travail de plus de 6 mois et de la prise en charge des transports en lien avec l’ALD. Les ALD non exonérantes n’ouvrent pas droit à l’exonération du ticket modérateur, c’est-à-dire que l’assuré est remboursé aux taux habituels de la sécurité sociale.
Ces nouvelles durées maximales dérogatoires d’indemnisation s'appliqueront aux arrêts de travail prescrits à compter du 15-10-2026 ainsi qu'aux arrêts de travail en cours au 15-10-2026 pour une incapacité de travail atteignant 6 mois à compter de cette date. 
Le décret 2026-866 du 16-9-2026 prévoit également la possibilité de pénaliser un assuré qui abuse de sa qualité d'assuré social en vue d'obtenir, de manière injustifiée, des prescriptions d'arrêt de travail sans lien avec son état de santé.
Ainsi, depuis le 19-9-2026, les personnes qui abusent de leur qualité d'assuré social, de victime d'un accident du travail, d'un accident de trajet, d'une maladie professionnelle ou de bénéficiaire de l'aide médicale de l'État pour obtenir des produits de santé sans lien avec leur état de santé ou une prescription d'un arrêt de travail non justifié peuvent faire l’objet d’une pénalité (Décret 2026-866 du 16-9-2026, art. 1er, 1° et 3 ; CSS art. R 147-6, 2°-b).
 
Source : Décret 2026-866 du 16-9-2026, JO du 18
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